岩井です。

早速 0.4.66 を使わせて頂いてます。:-)

以前のバージョンで起こっていたか否かは確認しておりませんが、
0.4.66 で受信箱の中の未読メールにポインタ(?)がある状態で
「受信」を行うとその未読メールを開いた状態になります。
# つまり、読んだことになってしまう。

その為、例えば、
「新着メールを受信した後受信箱に移動する」をチェックし、
「フォルダに入ったときに最初の未読メッセージを開く」をチェックしていない
環境で、「受信」を 2 度行うと未読のつもりのものが、
1 通だけですが、既読になってしまいます。
# 「新着メールを自動チェックする」をやってて気づきました。

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あと、この件とまったく関係ないですが、
TODO.ja の
「o 表示されるヘッダの指定」
は実装済ですよね。

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いわい