本多です。

メールボックスはちゃんと残っていますでしょうか？

~/.sylpheed/  --> 設定ファイルなど
~/Mail/ --> メールボックス

となります。
なんらかの理由で、~/Mail/ へのアクセス権がないと、おっしゃる症状になります
。~/Mail/のパーミッションを確認してみてください。

> 突然、受信時に「書き込めません」というようなメッセージが出るようになり、
> メイルボックスが見えなくなった状態になりました。

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